Rechtspraak aan de hand van DNA-fingerprinting technieken, opsporen van kankergenen met DNA chips, humaan insuline produceren voor diabetespatiënten, 900C-wasgoed schoon maken met intacte enzymen, afvalwater zuiveren met micro-organismen en medicijnen op maat maken voor gebruik in gentherapie. Aan de basis van al deze mogelijkheden en toepassingen ligt de levende cel, waarover je alles ontdekt in het vakgebied van Life Science & Technology.

In deze reeks van 4 (werk)colleges maak je kennis met diverse aspecten van fundamenteel onderzoek aan DNA en ook het toegepaste gebruik van DNA technieken in het biomedische en forensische onderzoek. De levende cel is een ingenieus ontworpen en zichzelf onderhoudende eenheid, waarin alle levensprocessen plaatsvinden en worden gestuurd. Cellen zijn opgebouwd uit biomoleculen zoals eiwitten, vetten en DNA. Elk onderdeel in de cel heeft zijn eigen unieke functie en toepassing. Het molecuul DNA, met een lengte van 2 meter (zeer vernuftig opgevouwen!) per menselijke cel, dient als opslagplaats voor alle informatie die nodig is om de cel te laten functioneren. DNA bepaalt hoe een organisme er uit zal zien en zorgt dat het organisme kan blijven functioneren en nakomelingen kan krijgen. Kortom, zonder DNA zouden er geen bacteriën, planten, dieren en mensen bestaan. De diverse onderzoeksgebieden waarbij DNA een belangrijke rol speelt, reiken van fundamenteel biologisch, biotechnologisch, biomedisch, farmaceutisch tot forensisch onderzoek. NB: Kennis van biologie is essentieel voor het begrip van deze collegereeks  

College I
Docenten: dr. R. Brandsma en dr. M. de Smit (13.00-14.00 en 14.30-15.30)  
DNA: Historie en Heden
In het eerste gedeelte van het college wordt een beknopt historisch overzicht gegeven over het DNA-onderzoek. In het tweede deel van het college ligt de nadruk op DNA technieken die een moderne wetenschapper tegenwoordig ter beschikking heeft om zijn onderzoek naar de enorme verscheidenheid aan levensprocessen uit te voeren.  

Werkcollege I (16.00-17.00 uur) Aan de hand van vragen zullen jullie het college I samen met de docenten verder uitwerken en nabespreken.    

College II
Docent: prof. dr. M. Noteborn (13.00-14.00 en 14.30-15.30)  
Van DNA naar delinquent naar patiënt naar…?
Het DNA van een mens lijkt voor een zeer groot gedeelte op het DNA van zijn medemens, maar bevat ook gebieden die juist heel erg verschillend zijn of kunnen worden. DNA bepaalt wie je bent, maar kan ook bepalen of je ziek zult zijn of worden. DNA heeft nog een zeer belangrijke eigenschap, het is zeer stabiel en onder bepaalde condities kan het duizenden jaren blijven bestaan. Al deze eigenschappen van het DNA maken het uitermate geschikt om te gebruiken voor de identificatie van misdadigers, maar ook van patiënten uit het verleden en in de toekomst.   Werkcollege II (16.00-17.00 uur) Aan de hand van vragen zullen jullie het college II samen met de docenten verder uitwerken en nabespreken.    

College III
Docent: prof. dr. M. Noteborn (13.00-14.00 en 14.30-15.30)  
Ongezond DNA
Wat hebben de oorzaken van sommige ziekten te maken met ons DNA en levert kennis van DNA nieuwe medicijnen op? Onderzoek naar het ontstaan van kanker en het ontwikkelen van toekomstige kankertherapieën blijkt op verrassende wijze te kunnen worden uitgevoerd.  

Werkcollege III (16.00-17.00 uur) Aan de hand van vragen zullen jullie het college III samen met de docenten verder uitwerken en nabespreken.  

College IV
Docent: dr. C. Backendorf (13.00-14.00 en 14.30-15.30 uur)  
Repareren van DNA
DNA speelt een essentiële rol in het functioneren van een gezond organisme. Schade in het DNA treedt op in onze cellen, maar wordt op ingenieuze wijze verwijderd. Wordt er in ons lichaam gezaagd, gesleuteld, geknipt, gelijmd? Verbaas je wat er allemaal in ons lichaam dagelijks aan routine werkzaamheden worden uitgevoerd.  

Werkcollege IV (16.00-17.00 uur)
Aan de hand van vragen zullen jullie het college IV samen met de docent verder uitwerken en nabespreken.   Tevens verzorgen alle deelnemers in groepen een presentatie over hetgeen in de colleges is besproken. Eén van deze presentaties wordt op 10 maart bij de centrale presentatiebijeenkomst herhaald.

De periode tussen 1400-1600 was een bewogen tijd voor de Nederlanden. Tot 1400 bestond het gebied uit een groot aantal vorstendommen, als Brabant, Vlaanderen, Holland, Zeeland enzovoort. Anderhalve eeuw later vormden al deze vorstendommen een politieke eenheid die ‘de Zeventien Nederlanden’ wordt genoemd. In de tweede helft van de zestiende eeuw viel deze eenheid weer uiteen in twee ongelijke delen, waaruit later de moderne staten België, Nederland en Luxemburg voortkwamen. In deze korte collegereeks zullen we twee dingen doen. Als eerste verrichten we origineel historisch bronnenonderzoek naar een of meer momenten in de eenwording – of scheiding – van de Nederlanden in de periode tussen 1400 en 1600. Ten tweede besteden we ruime aandacht aan de presentatie van de onderzoekresultaten voor een groter publiek. De reeks geeft zo een goede indruk van wat historisch onderzoek aan de Leidse universiteit inhoudt.

Docent: drs. T.J.H. Krispijn

Omschrijving  
Vanaf het begin tot aan het einde van de spijkerschriftcultuur (± 3200 v.Chr.- 200 n.Chr.) is er onderwijs in het schrijven van spijkerschrift geweest in Mesopotamië. Dankzij ‘schoolboeken’ op kleitabletten (woordenlijsten, ook wel lexicale teksten genoemd en wiskundige teksten) weten we vrij veel van het onderwijs. Zo kennen we de opgaven van de school van ±1800 v.Chr.: welke schoolboeken, maar ook welke literaire teksten de leerlingen moesten over- of opschrijven en hoe zij leerden rekenen. Via de teksten uit de schoolwereld krijgen we inzicht in het leerproces en kunnen we zien hoe in de loop van de tijd steeds meer uit het mondeling onderwijs schriftelijk werd vastgelegd.

Onderwerp:      
Het programma bestaat uit drie componenten:
(i) een inleiding in de sociale geschiedenis van het oude Mesopotamië.
(ii) een overzicht van de ontwikkeling van de 'schrijversschool'  en de woordenlijsttraditie.
(iii) (de begeleiding van) een onderzoek door de studenten naar de behandeling van bepaalde thema's in de 'schoolboeken' aan de hand van bewerkingen en vertalingen van 'schoolboeken' en literatuur.   Het onderzoek kan zich bijvoorbeeld richten op de indeling en volgorde van de schoolboeken, de in de school behandelde literatuur, de traditie van bepaalde schoolboeken door de eeuwen heen, of bepaalde thema’s in de schoolboeken of schoolliteratuur.

Vooropdracht college 1
Charpin, D., "The history of Ancient Mesopotamia: An Overview", in J.M. Sasson (ed.in charge), Civilisations of the Ancient Near East, London 1995, Vol. II, 807-829.

College 1           
Inleiding in het vakgebied en in de thematiek van de collegeserie
Introductie van de onderzoeksopdracht; opzet en werkwijze             
Uitwerking onderzoeksopdracht in groepsverband
Opstellen onderzoeksplan
Introductie in de literatuur
Zelfstudie-opdracht literatuur (huiswerk)

College 2           
Vervolg inleiding thematiek en literatuur
Bespreking zelfstudie literatuur
Kleine groepsopdracht
Start eigen onderzoek
Zelfstudie-opdracht

College 3
Bespreking zelfstudie van de vertalingen en de literatuur.
Toetsing van de resultaten ter tracering van eventuele historische ontwikkelingen
Aanvullend onderzoek in de bibliotheek van het NINO.
Evaluatie van het onderzoek; aanwijzingen voor de verwerking   

College 4
Presentaties en evaluatie van de onderzoeksopdrachten
Korte introductie in de vakken die binnen de opleiding TCMA / Assyriologie gegeven worden, ter informatie over de mogelijkheden voor een eventueel onderzoek in Blok IV in het tweede PRE-jaar.

Twee onderwerpen komen aan bod. Het eerste onderwerp betreft de vraag hoe men exact vergelijkingen van hogere graad in 1 variabele kan oplossen. Op de middelbare school leer je hoe het zit met graad 1 en graad 2 (abc-formule), maar nu zul je horen wat er gebeurt voor algemene graad. Ook complexe getallen komen hier aan bod. Neem je grafische rekenmachine mee.
Veeltermen

Het tweede onderwerp is cryptografie, of wel geheimschrift. Hoe kan het dat we veilig kunnen communiceren (denk aan geldtransacties) over publieke kanalen, zoals internet?
Dictaat

Popmuziek en de jeugdcultuur in het algemeen werd tot de jaren zeventig in ‘officieel’ Nederland nauwelijks serieus genomen. Nu is dat volstrekt anders. Er verschijnt continu een geweldige hoeveelheid boeken over de popmuziek van nu en van vroeger. Ook worden er biografieën en autobiografieën (vaak met ghostwriters) uitgegeven.  

Wat voor kennis kunnen we uit al die literatuur halen, over de muziek zelf, de muzikanten en zangers/zangeressen, de mensen eromheen zoals managers, diskjockeys, liedjesschrijvers, maar ook over de cultuur van de afgelopen tijd? Bij het schrijven over popmuziek worden bewust of onbewust heel wat mythes gecreëerd. In hoeverre kun je die doorprikken?  

Vragen als deze proberen we te beantwoorden in een klein onderzoek.  We zoeken informatie op internet, wat kun je vertrouwen en wat niet? Steeds meer artikelen in oude kranten en tijdschriften zijn op het internet te lezen. Op YouTube kun je de popmuziek van weleer niet alleen horen, maar ook zien. Wat geeft dat voor inzicht? Vroeger werd er niet veel over popmuziek geschreven. En wat er geschreven is vond men vaak niet de moeite om te bewaren. Sinds enkele jaren is dat helemaal veranderd. De beschikbare kennis is de afgelopen jaren geëxplodeerd. Hoe kun je met al die gegevens omgaan?

Over de docent: “Wat mezelf betreft: Ik ben in 1944 geboren. Vanaf 1958 ben ik me voor popmuziek gaan interesseren. Vanaf het begin van de jaren zestig ben ik erover gaan schrijven. Ik heb artikelen geschreven in allerlei muziekbladen en ook bijvoorbeeld een column verzorgd in de begintijd van het Veronicablad. Vanaf 1964 tot 1972 heb bij (Radio) Veronica programma’s geproduceerd en later ook gepresenteerd. Daarbij heb ik samengewerkt met o.a. Joost de Draayer (Willem van Kooten), Jan van Veen, Rob Out, Lex Harding, Henk van Dorp, Tineke de Nooy en vele anderen. Vanaf 1965 tot 1987 ben ik werkzaam geweest bij een aantal grammofoonplatenmaatschappijen (en muziekuitgeverijen), vooral op het terrein van marketing, artiesten en repertoire. Ik ben betrokken geweest bij de carrière van onnoemelijk veel artiesten, soms van een afstand, maar vaak ook van heel dichtbij. Artiesten met wie ik onder anderen gewerkt heb zijn ABBA, Bee Gees, Eric Clapton, James Brown, Jimi Hendrix, Rod Stewart, the Who, Rolling Stones, Golden Earring, Joe Cocker, Simon & Garfunkel. In maart 1973 was ik als producer namens de Nederlandse muziekindustrie verantwoordelijk voor het zogenaamde popgala, het eerste (nagenoeg) avondvullende programma dat door de VARA-TV werd uitgezonden. Daarin was onder andere het eerste optreden in Nederland van The Eagles.  

In 1995 ben ik in Leiden geschiedenis gaan studeren. In 2005 ben ik in Leiden gepromoveerd op een proefschrift over het optreden van de Nederlandse missionaris Ferdinand Hamer in China, die in 1900 tijdens de zogenaamde Bokser-opstand vermoord werd. In 2007 verscheen bij Bert Bakker ‘Soldaten van God’, over de Nederlandse missionarissen in China in de negentiende eeuw. Het boek kreeg veel aandacht. In 2008 werd het zelfs genomineerd voor de Grote Geschiedenis Prijs. In 2010 bracht uitgeverij Conserve een tweede boek in roulatie, ‘Money Money Money? Verhalen uit de geschiedenis van de popmuziek, deel 1’. Meer is te lezen op de website www.harryknipschild.nl

Het recht is overal. Wie met een juridische bril naar de wereld kijkt ziet overal verbintenissen, overeenkomsten en aansprakelijkheden. Het meest mediagenieke rechtsgebied is echter toch wel het strafrecht: wanneer mensen over recht spreken, hebben zij voornamelijk het strafrecht in gedachten. Dit is ook niet ten onrechte: de toepassing van het strafrecht gaat gepaard met verreikende bevoegdheden van het Openbaar Ministerie en de opsporingsdiensten en kunnen diep ingrijpen in de levens van burgers. In deze collegereeks gaan wij dieper in op dit belangrijke rechtsgebied. Hierbij zal het strafrecht op zowel nationaal als internationaal niveau centraal staan en worden belangrijke leerstukken alsook spraakmakende casus vanuit praktisch tot aan rechtsfilosofisch gezichtspunt benaderd.

College 1          Reflectie op het strafrecht
In het eerste college staat het ‘tikkende-bom-scenario’ centraal. We houden ons bezig met de vraag of een verdachte gemarteld mag worden teneinde informatie te verkrijgen waarmee levens kunnen worden gered. Eveneens wordt besproken waaruit het onderzoeksproject van de studenten zal bestaan.

College 2          Strafrecht in de praktijk
Om te ervaren hoe het strafrecht en het strafproces in de praktijk functioneren, houden we in deze week een ‘moot court’: een oefenrechtbank waarin studenten de rol van officier van justitie of advocaat van de verdediging op zich nemen.

College 3          Internationaal strafrecht
Waar het strafrecht vroeger een louter nationale aangelegenheid was, krijgt het strafrecht tegenwoordig steeds meer internationale trekken. Dit zien we het bijvoorbeeld belichaamd in het International Strafhof (ICC) en het Joegoslavië-tribunaal (ICTY) in Den Haag. Tijdens dit college brengen we een bezoek aan een van de Haagse tribunalen.

College 4          Presentaties onderzoeksprojecten
Tijdens het laatste college presenteren de studenten hun onderzoeksprojecten. De groep met de beste presentatie krijgt de eer om zijn onderzoek op de algemene presentatiedag nogmaals te presenteren.

Coördinatoren: mr.drs. Machteld Zee en mr. Bastiaan Rijpkema

Autoimmuniteit, in het bijzonder reumatoïde artritis en coeliakie.

De hersenen ontwikkelen zich vanaf de kindertijd tot aan de volwassenheid. In de adolescentie veranderen de hersenen onder andere door invloed van hormonen. Adolescenten reageren bijvoorbeeld sterker dan kinderen of volwassenen op beloningen. Om de hersenactiviteit tijdens verschillende taken te kunnen onderzoeken wordt gebruik gemaakt van functionele MRI.

In deze cursus ga je in groepjes van twee zelf aan de slag met het ontwerpen van een hersenonderzoek dat gebruik maakt van functionele MRI. De geleerde vaardigheden over onderzoeksopzet en experimentontwerp zet je in om jouw experiment te ontwerpen. In het laatste college geven alle groepjes een presentatie over het ontworpen experiment. Wanneer er tijd is zal ook de MRI scanner van het LUMC bezocht worden.

Docent: Barbara Braams

Informatie over de schrijfster van het puberbrein: Eveline Crone

Coördinator: dr.ir. T. Oosterkamp

Nanoscience houdt zich bezig met eigenschappen die materie heeft als  alle afmetingen heel klein worden, van de orde van nanometers. In een blokje koper zitten de atomen ongeveer 0.3 nm uit elkaar, dus bij ‘nanometers’ denk je aan iets als 100 atomen, of natuurlijk aan (grote) moleculen. Je kunt je dan bijvoorbeeld afvragen wat de electrische weerstand is van zo’n klein object (gaat de wet van Ohm nog wel op ?). Je moet echter ook in staat zijn de objecten te zien. Daarvoor bestaan tegenwoordig microscopen zoals de Scanning Tunneling Microscope ( STM) of the Atomic Force Microscope (AFM) die zo gevoelig zijn dat ze atomen en moleculen op oppervlakken kunnen waarnemen. In deze collegereeks gaan we hier met colleges en experimenten wat dieper op in.  

College 1
Kort college met uitleg over tunnelmicroscopie; zowel de achterliggende quantum-mechanische principes als de technische uitvoering komen aan bod. Experiment: starten met het bouwen van een piezo-motor om zeer kleine verplaatsingen te kunnen maken.  

College 2
Kort college over krachtmicroscopie. Experiment: afbouwen van de piezomotor.  

College 3, 4
Diverse experimenten met STM en AFM

Modeling, Specifying and Verifying Computing Systems  
Leiden Institute of Advanced Computer Science    

Today computer systems are everywhere for facilitating and regulating our activities. Examples of computer systems include user applications such as web browsers and word processors but also very sophisticated safety-critical applications such as air-control systems and nuclear-control plants. The modeling of biological and pharmaceutical processes is an example of a new development. It is very difficult to produce understandable and well-documented large computer programs. For many of these programs we have to be certain that they are correctly doing what they are supposed to do. How can we verify that?   While engineers often use continuous mathematics to model and to reason about their structures, computers can only handle finite discrete structures. Theoretical computer science is the branch of computer science that is mostly concerned with the problem of finding abstract, discrete (and possibly finite) models of computing systems together with algorithms for automatically checking whether a model meets its specification.      

Session 1: A basic model: finite automata, by Marcello Bonsangue      
Session 2: Modeling software connectors: constraint automata, by Marcello Bonsangue            
Session 3: Modeling concurrent systems: Petri nets, by Jetty Kleijn      
Session 4: Specifying and verifying systems: temporal logics, by Marcello Bonsangue  

During each session the students will discuss and present research papers (in English).

Docent: dr. J.M. Wiedenhof
Dit onderdeel omvat vier werkcolleges over taal en schrift in China. Elk college moet worden voorbereid door het lezen van een tekst en het uitwerken van opdrachten. Details over leesteksten en opdrachten staan op de website van dit onderdeel.  

College 1: Inleiding & rondleiding (6 feb 12)
We beginnen met een overzicht van de taalsituatie in China en een inleiding op de verschillen tussen het leren van een taal en het bestuderen ervan. Het college besluit met een rondleiding in het Sinologisch Instituut, dat als grootste studiecentrum van China in Nederland ook een van de mooiste collecties Chinese boeken in Europa herbergt.

College 2: Uitspraak (13 feb 12)
Van de vele talen in China wordt het Mandarijn het meest gesproken: er zijn circa een miljard sprekers. In dit college verkennen we verschillende strategieën om onbekende spraakklanken te leren, zoals de tonen van een toontaal. Als bonus laat dit college je opnieuw kennismaken met de uitspraak van je eigen taal: het Nederlands.

College 3: Taal (5 mrt 12)
In taalonderzoek komen veel aspecten tegelijk om de hoek kijken: spraakklanken, woordenschat, woordbouw, zinsbouw en andere grammaticale bijzonderheden. We bekijken hoe al deze factoren in elkaar grijpen bij de bestudering van de onderschikkende constructie in het Mandarijn.

College 4: Schrift (12 mrt 12)
Het Chinese schrift bestaat al meer dan 3000 jaar, maar heeft door de eeuwen heen veel veranderingen ondergaan, vooral door het gebruik van nieuwe schrijfmaterialen. We zullen dit spoor volgen vanaf karakters die in bot werden gekerfd tot aan de digitalisering van het Chinese schrift.

Omgaan met religieuze verschillen
Godsdienstige verdraagzaamheid in historisch perspectief (1500-1800)   Docent: Dr. JW Buisman

Nederland is al van oudsher een verzameling minderheden geweest, ook in religieus opzicht. Weliswaar was er in de Gouden Eeuw een meerderheid van protestanten, maar er bleef een grote katholieke minderheid. Bovendien waren de protestanten onderling zeer verdeeld. Nog altijd vinden we in de actualiteit sporen van deze religieuze veelkleurigheid: zo herdachten Nederlandse calvinisten in 2009 dat de Franse reformator Johannes Calvijn 500 jaar geleden werd geboren, terwijl de remonstranten toen aandacht vroegen voor het feit dat hun voorman Jacobus Arminius 450 jaar geleden overleed. Het zijn kennelijk nog altijd zulke idolen dat beiden zelfs een eigen glossy kregen.

Opzet van de colleges

In college I gaan we na, over welke theologische en maatschappelijke kwesties de diverse groeperingen zich destijds opwonden. Waarin verschilden protestanten van de aanhangers van de oude kerk? Waarom mocht bijvoorbeeld een dominee trouwen en moest een priester zijn lusten bedwingen? En waarover waren de leden van de publieke kerk het oneens met lutheranen, doopsgezinden en remonstranten? Waarom gehoorzaamden de rooms-katholieken de paus en wezen de oud-katholieken hem de deur? En op welke wijze bestreden al deze gelovigen elkaar, met woorden zowel als beelden? Voor de een was de paus de heilige vader, maar voor de ander weinig minder dan de baarlijke duivel. Wat was hier de rol van pamfletten en spotprenten?

In college II ligt het accent op de verhouding tussen kerk en staat. Hoe ging de overheid destijds om met al die religieuze verschillen? Hoever strekte, kortom, de tolerantie van overheidswege? Welke ontwikkelingen vallen daarin te bespeuren en sinds wanneer? Hoeveel vrijheid genoten bijvoorbeeld de joden? Wat is de precieze voorgeschiedenis van het oer-Hollandse gebruik van het ‘gedogen’? We willen dit college afsluiten met een stadswandeling langs enkele voormalige Leidse schuilkerken.
In college III concentreren we ons op het thema van de scheiding van kerk en staat. Sinds 1796 is er geen bevoorrechte kerk meer, maar zijn alle kerken gelijk voor de wet. Het clandestiene karakter van bijvoorbeeld de Rooms-Katholieke Kerk is verdwenen. We gaan dit onderwerp bekijken aan de hand van officiële teksten: wat zeggen de diverse grondwetten van ons land hierover? En in hoeverre werken de bepalingen ervan door in de praktijk van vandaag?

Nog altijd is Nederland een religieus verdeeld land. Daarom houden groepjes leerlingen in het afsluitende college IV ieder een presentatie over de geschiedenis van een kerkgenootschap aan de hand van opgegeven literatuur, bronnen en beeldmateriaal.

Literatuur, te bestuderen vóór aanvang van het eerste college
W. Frijhoff en M. Spies (red.), 1650. Bevochten eendracht (Den Haag 1999) pp. 351-439
J.W. Buisman, ‘Kerk en samenleving, 1574-1795’. In: S. Groenveld et alii (eds.), Leiden, geschiedenis van een Hollandse stad (4 vols.; Leiden 2002-2004) II, 126-147

Het LUMC is een academisch ziekenhuis, wat betekent dat er naast patiëntenzorg ook wetenschappelijk onderzoek wordt verricht. Er worden twee universitaire opleidingen verzorgd, Geneeskunde en Biomedische Wetenschappen. Eén van de divisies binnen het LUMC richt zich vooral op onderzoek en op onderwijs aan studenten, dit is divisie 5. Het onderzoek kan heel fundamenteel zijn, waarbij gekeken wordt naar de functie van een bepaald eiwit in de cel, maar vaak is het ook heel klinisch en bijv. gericht op het mechanisme achter een bepaalde ziekte. In deze divisie vind je afdelingen zoals Anatomie, Genetica, Parasitologie en Moleculaire celbiologie. In deze module krijg je de gelegenheid om op één van deze afdelingen een aantal middagen mee te lopen met een onderzoeker: je leest literatuur, maakt kennis met de onderzoeksvraagstellingen van de afdeling en de onderzoeker, je doet een of meerdere experimenten en leert hoe je daar een presentatie over kunt maken. Kortom, een leuke oriëntatie op het project in je tweede pre-jaar.  Als je meer wilt weten over al het onderzoek dat in het LUMC wordt uitgevoerd, kun je ook naar de website van het LUMC (http://www.lumc.nl, onder het item research-onderzoeksgebieden).